شتابدهنده تهران سایت به منظور دسترسی به تیمهای فناور با سطح فناوری بالا، با مجموعههای مختلفی همکاری استراتژیک و بلند مدت برقرار کرده است که از جمله آنها می توان به این موارد اشاره کرد:
- مرکز راهبردی فناوریهای همگرا معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری
- ستاد ویژه توسعه فناوری نانو
- مرکز نوآوری کلیک دانشگاه تهران
- بنیاد ملی نخبگان